Madoka Kaname arkadaşı Sayaka Miki gibi ortaokula giden sıradan bir kızdır. Bir gün karşılarına kediye benzeyen
Kyubey adında bir hayvan çıkar. Kyubey onlara bir dileklerini gerçekleştirebileceğini söyler. Ancak bunun karşılığında
ise büyücü kız olup cadı denen varlıklara karşı savaşmaları gerekmektedir. Bu tekliften bir gün sonra Homura Akemi
adında başka bir kız gelip Madoka’ya bu teklifi ne olursa olsun kabul etmemesini tembihler. Bölümler ilerledikçe
çelişkiler büyüyecek ...